Europos Parlamentas įstatymų leidžiamąja valdžia dalijasi su Europos Sąjungos Taryba (Ministrų Taryba). Pagal įprastinę procedūrą (taip vadinamą "bendro sprendimo" procedūrą) EP ir Ministrų Tarybos galios yra vienodos: jei bent viena iš šių institucijų nesutinka, teisės aktas negali būti priimtas. Pagal kitas teisės aktų leidybos procedūras, taikomas specialiais atvejais, EP tenka daugiau patariamasis vaidmuo. Be bendro sprendimo, EP darbe taip pat naudojamos bendradarbiavimo, pritarimo, konsultavimosi bei kitos procedūros.

Nors ES įstatymų leidybos iniciatyvos teisė priklauso tik Europos Komisijai, EP turi politinės iniciatyvos teisę. Jis gali paprašyti Komisijos inicijuoti teisės aktų leidybą, t.y. teikti pasiūlymus dėl įstatymų.

Teisėkūros proceso pradžioje Europos Komisija pateikia Parlamentui pasiūlymą dėl teisės akto. Jo pagrindu atsakingo EP komiteto paskirtas pranešėjas rengia ataskaitą (pranešimą), kuria remiantis Parlamentas priima sprendimą - rezoliuciją - dėl siūlomo teisės akto. Priklausomai nuo priimto sprendimo ir taikomos procedūros, teisės aktas gali būti patvirtintas pirmuoju, antruoju arba trečiuoju svarstymu, arba būti atmestas. Teisėkūros procesą Parlamente detaliai reglamentuoja EP darbo tvarkos taisyklės.

Europos Parlamentas kartu su Ministrų Taryba tvirtina biudžetą ir vykdo biudžetinę priežiūrą. EP turi teisę nepritarti visam biudžetui, jei mano, kad jis neatitinka ES poreikių. Tokiu atveju biudžeto tvirtinimo procedūra pradedama iš naujo.

Pirminį biudžeto projektą Komisija pateikia balandžio pabaigoje arba gegužės pradžioje. Biudžetas svarstomas ir tvirtinamas nuo birželio iki gruodžio pabaigos. Prieš svarstymą vyksta visų trijų ES institucijų - Komisijos, Parlamento ir Ministrų Tarybos - susitikimai.

Paprastai liepą vykstančio pirmojo svarstymo metu Ministrų Taryba, išnagrinėjusi Komisijos pasiūlymą, tvirtina biudžeto projektą. Tuomet šį projektą svarsto EP komitetai ir gali teikti pakeitimus atsakingam komitetui - EP Biudžeto komitetui. Pastarasis gali atmesti Ministrų Tarybos siūlomus pakeitimus ir pats siūlyti didinti ar mažinti biudžeto eilutes. Biudžeto komitetas patvirtina ataskaitą, kurią europarlamentarai svarsto ir dėl jos balsuoja plenarinėje sesijoje.

Tuomet Ministrų Taryba nagrinėja pataisytą biudžeto projektą antrajame svarstyme ir nustato vadinamąsias "privalomąsias išlaidas" įsipareigojimams, kylantiems iš ES sutarčių, bei gali atmesti EP padarytus pakeitimus šioje srityje. Tuo tarpu dėl neprivalomųjų išlaidų paskutinį žodį taria Parlamentas. Po gruodžio mėnesį vykstančio antrojo svarstymo biudžeto procedūrą vainikuoja EP Pirmininko parašas po galutine biudžeto versija.

Europos Komisija yra atsakinga už metinio biudžeto įvykdymą. Audito Rūmai nagrinėja praėjusių metų biudžeto vykdymą ir skelbia savo metinį pranešimą. Išnagrinėjusi Audito Rūmų pastabas Ministrų Taryba teikia rekomendaciją Europos Parlamentui. Jei EP tenkina metinis Audito Rūmų pranešimas, jis, remdamasis savo Biudžeto kontrolės komiteto rekomendacijomis, tvirtina, kad Komisija įvykdė biudžetą. Šiame patvirtinime nurodomos rekomendacijos, kaip gerinti biudžeto vykdymą ateityje. Parlamentas taip pat gali atsisakyti patvirtinti biudžetą.

EP vykdo parlamentinę visos Bendrijos veiklos priežiūrą. Priežiūros galios kyla iš paskyrimo procedūrų, tyrimų teisės, ES institucijų pranešimų ir ataskaitų svarstymo, teisės pareikšti ieškinius Europos Teisingumo Teisme (ETT), žodžiu arba raštu teikiamų paklausimų vykdomajai valdžiai, piliečių peticijų nagrinėjimo ir kitų priežiūros priemonių.

Paskyrimo procedūros suteikia EP galimybę taikyti savo priežiūros funkciją kai kurioms ES institucijoms. Parlamentas tvirtina arba atmeta teikiamą Komisijos Pirmininko kandidatūrą. Europarlamentarai taip pat tvirtina Europos Komisijos narių (Komisarų) kolegiją. Be to, EP turi galią dviem trečdaliais balsavusių narių, sudarančių visų Parlamento narių daugumą, atstatydinti Komisiją.

EP dalyvauja skiriant Audito Rūmų narius. Šiuo klausimu Ministrų Taryba turi konsultuotis su Parlamentu. Jei dėl tam tikros kandidatūros paskyrimo EP pareiškia neigiamą nuomonę, Parlamento Pirmininkas prašo Ministrų Tarybos atšaukti kandidatūrą ir siūlyti naują kandidatą. Skirdamos Europos centrinio banko Vykdomosios valdybos narius valstybės narės privalo konsultuotis su Europos Parlamentu.

EP nariai po kiekvienų Parlamento rinkimų skiria Ombudsmeną, kuris turi įgaliojimus priimti ir tirti piliečių skundus dėl netinkamo administravimo Bendrijos institucijose ar įstaigose. Ombudsmeno pareigybė buvo įsteigta Mastrichto sutartimi siekiant demokratizavimo ir administracinio skaidrumo. Be to, visi piliečiai (individualiai arba kartu su ki tais piliečiais) gali bet kuriuo metu pasinaudoti savo teise pateikti peticiją Europos Parlamentui tais klausimais, kurie priklauso ES veiklos sritims ir yra tiesiogiai su jais susiję.

EP turi teisę sudaryti tyrimo komitetus Bendrijos institucijos ar įstaigos, valstybės narės viešojo administravimo institucijos ar asmens, kurį Bendrijos teisė įgaliojo ją įgyvendinti, įtariamiems bendrijos teisės pažeidimams ar netinkamo administravimo, taikant Bendrijos teisę, atvejams tirti. Taip buvo padaryta keletą kartų, pavyzdžiui, paplitus kempinligei: tyrimas baigėsi Europos veterinarijos agentūros įsteigimu Airijoje.

EP taip pat įgyvendina savo priežiūrą svarstydamas ES institucijų pranešimus ir ataskaitas. Komisija teikia Parlamentui metinį pranešimą apie Bendrijų veiklą, metinį pranešimą apie biudžeto vykdymą, taip pat politikos sričių įgyvendinimo, įstatymų leidybos bei kitas ataskaitas. Pradėdamas pirmininkauti, ES Tarybos (Ministrų Tarybos) Pirmininko pareigas einantis asmuo teikia savo programą Parlamentui, o baigiantis įgaliojimų terminui atsiskaito už veiklos rezultatus. Europos centrinio banko Pirmininkas plenarinės sesijos metu EP teikia metinį pranešimą.

Europarlamentarai gali žodžiu arba raštu teikti klausimus Komisijai ir Ministrų Tarybai. Be to, per plenariniame posėdyje Komisijai ir Ministrų Tarybai skirtą klausimų valandą galima pateikti klausimus ir išgirsti atsakymus svarbiausiomis temomis. Parlamente taip pat rengiami specialūs debatai svarbiausiais ES politikos klausimais, kuriuose dalyvauja Komisijos ir Ministrų Tarybos atstovai.

Kiekvienas Europos Viršūnių Tarybos susitikimas pradedamas Europos Parlamento Pirmininko pareiškimu, kuriame išdėstomos jo vadovaujamos institucijos pagrindinės pozicijos įvairiais klausimais, kuriuos svarstys valstybių ar jų vyriausybių vadovai. Po kiekvieno vadovų susitikimo Europos Viršūnių Tarybos pirmininkas teikia Parlamentui pranešimą apie jo rezultatus ir pradeda diskusijas su Europos Parlamento nariais.