Europos Parlamentas turi savo valdymo ir politines struktūras.

Pirmininkas vadovauja Parlamento ir jo organų (Biuro ir Pirmininkų sueigos) veiklai. Jis pirmininkauja plenariniams posėdžiams, sprendžia dėl pakeitimų priimtinumo, Ministrų Tarybai ir Komisijai teikiamų klausimų bei dėl pranešimų (ataskaitų) atitikimo Darbo tvarkos taisyklėms. Jis palaiko tvarką posėdžio metu, suteikia žodį, nutraukia diskusijas, teikia klausimus balsavimui ir skelbia balsavimų rezultatus, perduoda komitetams skirtus dokumentus. Pirmininkas atstovauja Parlamentui tarptautinių santykių srityje, per iškilmingas progas, administraciniuose, teisiniuose ir finansiniuose reikaluose.

Pirmininkui padeda keturiolika pavaduotojų. EP Pirmininkas ir jo pavaduotojai renkamai dvejiems su puse metų, t.y. pusei Parlamento kadencijos, kuri gali būti tęsiama. Po Pirmininko ir keturiolikos pavaduotojų europarlamentarai renka šešis kvestorius. Jie atsako už administracinius ir finansinius klausimus, tiesiogiai susijusius su Parlamento nariais. Jų kadencijos trukmė taip pat yra du su puse metų. Renkant Pirmininką, pirmininko pavaduotojus ir kvestorius, atsižvelgiama, kad būtų tolygiai atstovaujama visoms valstybėms narėms ir politinėms tendencijoms.

Biuras sudaromas iš Pirmininko ir keturiolikos pirmininko pavaduotojų. Kvestoriai yra Biuro nariai, turintys patariamąjį balsą.

Biuras priima finansinius, organizacinius ir administracinius sprendimus dėl Parlamento narių ir vidinės Parlamento struktūros bei organų, sprendžia dėl posėdžių rengimo tvarkos, rengia pirminį Parlamento sąmatos projektą. Jis skiria generalinį sekretorių, rengia Generalinio sekretoriato personalo planą ir nuostatas, reglamentuojančias pareigūnų ir kitų tarnautojų administracinę ir finansinę situaciją. Biuras sprendžia dėl Europos Parlamente atstovaujamoms partijoms skiriamų asignavimų dydžio.

Pirmininkų sueiga sudaroma iš Parlamento Pirmininko ir frakcijų pirmininkų. Frakcijos pirmininkas gali įgalioti jį atstovauti kitam frakcijos nariui. Nepriklausomi Parlamento nariai iš savo tarpo deleguoja du narius, kurie dalyvauja pirmininkų sueigos posėdžiuose, bet neturi teisės balsuoti.
Pirmininkų sueiga yra politinė EP struktūra, kuri:

Pirmininkų sueiga priima sprendimus bendru sutarimu arba balsuojant, balsus skaičiuojant pagal narių skaičių kiekvienoje frakcijoje. Paprastai ji posėdžiauja du kartus per mėnesį, o jos posėdžiai nėra vieši. Tačiau visuomenė gali susipažinti su posėdžių protokolais.

Be Pirmininkų sueigos EP dar sudaroma Komitetų pirmininkų sueiga ir Delegacijų pirmininkų sueiga.

Komitetų pirmininkų sueiga - tai EP politinis organas, užtikrinantis geresnį skirtingų Parlamento komitetų bendradarbiavimą. Komitetų pirmininkų sueigą sudaro visų nuolatinių ar laikinųjų komitetų pirmininkai. Ji išsirenka savo pirmininką. Komitetų pirmininkų posėdžiai paprastai vyksta kartą per mėnesį Strasbūre, plenarinių sesijų metu.

Delegacijų pirmininkų sueiga - tai EP politinis organas, periodiškai nagrinėjantis visus su tinkama tarpparlamentinių delegacijų ir delegacijų į mišrius Parlamento komitetus veikla susijusius klausimus. Ji sudaroma iš visų nuolatinių tarpparlamentinių delegacijų pirmininkų, iš kurių išsirenka savo pirmininką.

EP nariai gali jungtis į frakcijas pagal savo politines pažiūras. Frakcija sudaroma iš europarlamentarų, išrinktų ne mažiau kaip viename penktadalyje valstybių narių. Frakcijai įkurti reikia ne mažiau kaip dvidešimt penkių Parlamento narių. EP narys negali priklausyti daugiau negu vienai frakcijai. Kai kurie europarlamentarai nepriklauso jokiai frakcijai, jie laikomi nepriklausomais nariais. Šiuo metu Europos Parlamente yra septynios politinės frakcijos.

Frakciją turi savo valdymo organus: pirmininką (arba du pirmininkus kai kuriose frakcijose), biurą ir sekretoriatą.

Prieš kiekvieną balsavimą plenarinėje sesijoje frakcijos nagrinėja parlamentinių komitetų pateiktus pranešimus (ataskaitas) ir teikia savo pakeitimus.

Frakcijos pozicija yra derinama pačioje frakcijoje, nė vienas narys negali būti verčiamas balsuoti tam tikru būdu.

EP komitetai atlieka Parlamento plenarinių sesijų parengiamuosius darbus. Jie tvirtina ataskaitas dėl teisės aktų pasiūlymų, kuriuos priimant Parlamentas dalyvauja lygiateisiškai su Ministrų Taryba arba su juo konsultuojamasi, ir ataskaitas savo iniciatyva. Be to, komitetai teikia nuomones kitiems Parlamento komitetams. Kiekvienas komitetas išsirenka pirmininką ir vieną, du arba tris pavaduotojus, kurie kartu sudaro komiteto biurą, dvejų su puse metų trukmės kadencijai ir turi sekretoriatą.

Europarlamentarai pasiskirsto į nuolatinius komitetus, kurie specializuojasi tam tikrose srityse: užsienio reikalų, ekonomikos ir pinigų politikos, aplinkos ir visuomenės sveikatos, užimtumo ir socialinių reikalų, pramonės ir mokslinių tyrimų, žemės ūkio ir kt. Be to, EP gali sudaryti pakomitečius ir, įgyvendindamas savo priežiūros galias, specifines problemas nagrinėjančius laikinuosius komitetus bei tyrimo komitetus. Komitetų veikloje dalyvauja tikrieji arba pavaduojantys nariai, o jų politinė sudėtis atspindi Europos Parlamento sudėtį.

Parlamentiniai komitetai posėdžiauja vieną arba du kartus per mėnesį Briuselyje, o jų diskusijos yra viešos.
Europos Parlamentas aktyviai plėtoja tarpparlamentinį bendradarbiavimą su ES nepriklausančiomis valstybėmis bei su kitomis tarptautinėmis organizacijomis. Šiuo tikslu sudaromos tarpparlamentinės delegacijos, kurios atlieka svarbų vaidmenį didinant ES įtaką pasaulyje.

Pagal bendradarbiavimo pobūdį išskiriamos kelios delegacijų rūšys:

EP dirba apie 5000 pareigūnų, pavaldžių Generaliniam sekretoriui ir konkurso būdu atrinktų visose ES valstybėse. Frakcijos ir EP nariai turi savo padėjėjus.
Europos Parlamento veikla kiekvienam ES gyventojui kainuoja po 2.6 euro per metus (arba 1.2% viso ES biudžeto).